时期是大正末期。日本作为军事国家不得不与世界争斗，激烈的时代。主人公柊京一郎升学到帝国大学，向帝都东京出发。为了学习而迈进，为了家乡而决心成为一名出色的人物的京一郎，却因为自身特别的力量引起了军部——

人类的世界惊现原始恐龙，阿莱达星兽基地被恐龙凶兽龙始祖入侵等一桩桩怪事为何发生？答案竟和龙源纪的一道镇守令——龙的密令遗失相关！斗龙战士们将如何对抗这股来路不明的黑暗力量？他们将会面对怎样的重重磨难？